フリーランスエンジニアの年収1000万円の手取りは約597万円｜税と社会保険料で約303万円引かれる

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※本記事は一般的な情報提供を目的としたものです。個別の税務判断は税理士または所轄の税務署にご確認ください。

「フリーランスエンジニアで年収1,000万円」という言葉は、たいてい月額83万円の案件を12か月続けた年商のことを指しています。会社員の年収1,000万円とは引かれるものが違うので、手元に残る額も違います。

この記事では、年商1,000万円のフリーランスエンジニアから何がいくら引かれて、手元にいくら残るのかを、公表されている料率と条文だけで積み上げます。手順は単価50万円の手取りの記事と同じで、前提もそろえてあります。年商が400万円増えると手取りがいくら増えるかも、そこから読めます。

先に結論

• 年商1,000万円・経費100万円・青色申告特別控除65万円の前提で、税と社会保険料の合計は約303万円、手元に残るのは約597万円でした（所得税は令和7年分で計算）。年商に対する手取りの割合は約60%です
• 年商600万円のときの手取りは約367万円だったので、年商が400万円増えると手取りは約230万円増えます。増えた分の約57%が残る計算です
• いちばん大きいのは所得税の約92万円で、次が国民健康保険の約91万円です。国民健康保険の医療分は限度額67万円まで残り約2.8万円のところまで来ています
• 所得税の基礎控除は、合計所得金額が655万円を超えると特例加算がなくなり本則の58万円だけになります（令和8年分は62万円）
• 年商1,000万円は消費税の免税点そのものです。「千万円以下」なら免税ですが、その1,000万円が税込か税抜かで結論が変わります

置いた前提

数字は前提で動きます。単価50万円の手取りの記事と同じ条件で、単価だけを変えています。

年商1,000万円は、受け取った金額の合計（税込）として置いています。この置き方が消費税の節で効いてきます。

まず所得を出す

年商1,000万円から経費100万円を引いて900万円、そこから青色申告特別控除65万円を引いて、事業所得は835万円です。

この位置がフリーランス全体のどのあたりかは、内閣官房の令和4年度フリーランス実態調査で読めます。この調査の収入は経費を引いたあとの所得で聞いていて、青色申告特別控除の扱いは書かれていないので、ここでは控除前の900万円を当てます。年商1,000万円・経費100万円なら所得900万円で「900〜1,000万円未満」の区分です。800万円以上の帯は回答者2,119名のうち合計7.5%、「わからない」を除いた1,772名で数えても9.0%なので、年商1,000万円はフリーランス全体の上位1割に入る位置です。

国民年金は年商が増えても同じ

国民年金保険料は所得と関係なく、令和8年度は月17,920円です。12か月分で215,040円。年商600万円のときと1円も変わりません。

国民健康保険は約91万円で、医療分が限度額の手前

渋谷区の国民健康保険料は、所得から基礎控除43万円を引いた所得割算定基礎額に料率を掛けて、均等割を足します。835万円から43万円を引いた792万円で計算すると次のとおりです。

年商600万円のときは481,809円だったので、約42万円増えました。ここで見ておきたいのは限度額との距離です。医療分は限度額670,000円まで残り27,608円、支援金分は260,000円まで残り20,640円です。所得があと数十万円上がると医療分が頭打ちになり、そこから先は所得が増えても医療分の保険料は増えません。年商1,000万円は、国民健康保険の負担が「所得に比例して増える段階」から「頭打ちの段階」に切り替わる直前の位置です。

料率は自治体ごとに条例で決まるため、住む場所で保険料は変わります。国民年金と合わせると、社会保険料の合計は1,120,049円です。

所得税は約92万円。基礎控除の特例加算がなくなる

社会保険料は全額が所得控除になります。次に基礎控除ですが、年商600万円のときとは扱いが変わります。

基礎控除は所得税法86条の本則が58万円で、令和7年分からは租税特別措置法41条の16の2の特例加算が乗ります。ただしこの加算には、合計所得金額の上限があります。

令和七年分以後の各年分において、居住者のその年分の所得税に係る合計所得金額（中略）が六百五十五万円（令和九年分以後の各年分にあつては、百三十二万円）以下である場合における同法第八十六条第二項に規定する基礎控除の額は、同条第一項の規定にかかわらず、同項第一号に定める金額に次の各号に掲げる年分の区分に応じ当該各号に定める金額を加算した額とする。

出典：租税特別措置法 第41条の16の2第1項（令和7年分に適用される規定。令和8年12月1日施行の改正前の条文）

この記事の前提は合計所得金額835万円で、655万円を超えています。特例加算は付かず、基礎控除は本則の58万円だけです。年商600万円（合計所得金額435万円）のときは58万円＋10万円＝68万円でしたが、所得が上がると加算のほうが消えます。

事業所得835万円から社会保険料1,120,049円と基礎控除58万円を引くと、課税所得は6,649,000円（1,000円未満切り捨て）です。国税庁の速算表では「3,300,000円から6,949,000円まで」の区分に入り、税率20%、控除額427,500円です。

6,649,000円 × 20% − 427,500円 = 902,300円。復興特別所得税2.1%（18,948円）を足して、921,200円（100円未満切り捨て）です。

令和8年分（2027年3月に申告する分）は本則が62万円になります。令和8年法律第12号による改正で、加算の上限655万円は変わらないため、この前提では加算なしの62万円です。課税所得は6,609,000円、所得税は復興特別所得税を含めて913,000円になります。年商600万円のときは令和8年分の基礎控除が104万円まで増えたので、同じ改正でも所得によって効き方がまったく違います。

住民税は約68万円

住民税の基礎控除は43万円で、この所得帯では所得が上がっても変わりません。課税所得は6,799,000円になり、所得割10%（道府県民税4%＋市町村民税6%）で679,900円。均等割4,000円と森林環境税1,000円を足して684,900円です。

年商600万円のときは住民税のほうが所得税より高くなりましたが、年商1,000万円では逆転します。所得税が20%の区分に入って、住民税の10%を上回るためです。なお、調整控除は計算に入れていません。実際にはこの分だけ数千円下がります。

個人事業税は約31万円。土台は900万円

受託開発が第1種事業の請負業に当たると判断される場合、個人事業税がかかります。事業税の所得は所得税法26条・27条の例によるとされていて、青色申告特別控除の根拠である租税特別措置法はここに入りません。65万円を足し戻した900万円が土台です。

900万円から事業主控除290万円を引いた610万円に5%を掛けて、305,000円です。年商600万円のときは105,000円だったので、20万円増えました。かかるかどうかの業種判定は個人事業税と法定70業種の記事にまとめています。

積み上げると手取りは約597万円

税と社会保険料の合計は3,031,149円で、年商に対する手取りの割合は約60%です。所得税を令和8年分で置き換えると913,000円になり、手元に残る額は5,977,051円です。

年商600万円のときの手取りは3,666,951円でした。年商が400万円増えて、手取りは2,301,900円増えています。増えた400万円のうち約57%が手元に残り、残りの約43%は税と社会保険料に回った計算です。年商600万円までの手取り率が約61%だったのに対し、増えた部分の残る割合はそれより少し低くなります。所得税の税率区分が10%から20%に上がったことと、基礎控除の特例加算が消えたことが主な理由です。

青色申告特別控除を使わないと手取りは約573万円

青色申告特別控除65万円を使わない場合、所得は900万円になります。同じ手順で積み上げると、変わる箇所は3つです。

所得900万円では国民健康保険の医療分が計算上691,207円になり、限度額の670,000円で頭打ちになります。所得税は課税所得7,252,000円で「6,950,000円から8,999,000円まで」の23%の区分に入ります。青色申告特別控除の有無で手取りの差は約24万円です。個人事業税だけは、どちらも足し戻した900万円で計算するため変わりません。

年商1,000万円は消費税の免税点そのもの

ここまでの積み上げには消費税を入れていません。年商1,000万円は、消費税を納める義務があるかどうかの境界そのものだからです。

事業者のうち、その課税期間に係る基準期間における課税売上高が千万円以下である者（適格請求書発行事業者を除く。）については、第五条第一項の規定にかかわらず、その課税期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れにつき、消費税を納める義務を免除する。

出典：消費税法 第9条第1項

「以下」なので、基準期間（個人事業者はその年の前々年）の課税売上高が1,000万円ちょうどなら免税です。1円でも超えると2年後に課税事業者になります。ここで前提の置き方が効いてきます。

2行目が見落としやすい点です。免税事業者だった期間の売上には消費税がかかっていないので、基準期間の課税売上高は受け取った全額で判定します（消費税法基本通達1-4-5）。エージェント経由の案件で「月額83.3万円（税込）」なら1行目、「月額83.3万円＋消費税」なら2行目です。同じ「年商1,000万円」でも、契約書の書き方で2年後が変わります。

なお、特定期間（前年の1月から6月まで）の課税売上高が1,000万円を超えると、基準期間を待たずに翌年から課税事業者になる判定もあります（消費税法9条の2第1項）。ただしこの判定は課税売上高の代わりに給与等支払額で行うこともでき（同条第3項）、従業員を雇っていなければ給与は0円なので、この記事の前提では当たりません。

インボイス登録済みなら2割特例は2026年分が最後。2027・2028年分は3割特例

取引先の求めでインボイス発行事業者に登録している人は、すでに課税事業者です。免税事業者から登録した人が使える2割特例は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する課税期間が対象なので、個人事業者は2026年分の申告が最後です。国税庁の概要ページには、令和5年分から令和8年分までの計4回の申告が対象と書かれています。その次の2年分には、令和8年度税制改正で新しく3割特例ができました。免税事業者から登録して課税事業者になった個人事業者は、令和9年分（2027年分）と令和10年分（2028年分）の納付税額を売上税額の3割にできます。要件は、基準期間（適用を受ける年の2年前）の課税売上高が1,000万円以下であることです。

売上税額は、税込1,000万円を税抜9,090,909円と見て10%を掛けた額です。この記事の前提（税込1,000万円で基準期間の課税売上高も1,000万円）なら3割特例の要件に収まるので、2027年分と2028年分は約27万円、2割特例のときの1.5倍です。3割特例が終わる2029年分からは、特例を受けた課税期間の翌課税期間に係る確定申告期限までに簡易課税制度選択届出書を出せば、その年から簡易課税を使えます。受託開発が情報サービス業として第5種事業に当たる場合、みなし仕入率は50%で、納める消費税は2割特例のときの2.5倍の約45万円になります。2027年分の手取りを見積もるときは、税引前の額で見て、上の積み上げからさらに約27万円が出ていく計算です。税込経理なら納めた消費税は必要経費になるので、所得税や住民税がその分下がり、手取りの純減はそれより小さくなります。

なお、前の表の2行目（税抜1,000万円＋消費税を受け取っている人）は、2年後に基準期間の課税売上高が1,100万円になるため、その年から2割特例は使えず、3割特例も基準期間の課税売上高1,000万円以下の要件から外れます。どちらも、登録がなければ免税だった課税期間だけが対象です。

インボイス登録の判断そのものは、インボイス未登録と2026年10月の記事で扱っています。

実務としてどう使うか

1. 年商1,000万円は月額83.3万円×12か月

年商1,000万円を12で割ると月額833,333円です。エージェントの案件でいえば、月額83万円前後の案件を1年間続けた売上に当たります。エージェントが公表する平均年収840万円や906万円も、契約単価に12か月を掛けた売上ベースの数字なので、この記事の「年商」と同じ段階です。同じ前提で手取りの段階まで積み上げれば、おおむね6割前後になります。

2. 提示額を2社以上で並べる

同じスキルでも、エージェントによって扱う案件の予算帯が違うため提示額は変わります。年商を400万円上げると手取りは約230万円増えるので、経費を積むより単価を上げるほうが手元に残る額は大きく動きます。提示額を比べる相手を2社以上持っておくと、自分の相場が見えます。

もう1社並べる相手としては、クラウドワークス テックがあります。IT・エンジニア特化のエージェント・求人紹介サービスで、利用者の90%がリモートワーク案件で稼働しています（2025年1月末時点）。登録は無料です。

3. 契約書の「税込」「税抜」を確認する

年商1,000万円の前後にいる人は、契約書の報酬額が税込か税抜かで2年後の消費税が変わります。今の契約書を開いて、報酬額の横に「消費税別」「税込」のどちらが書かれているかを見ておくと、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えるかどうかがその場で分かります。

まとめ

• 年商1,000万円・経費100万円・青色65万円・40歳未満・単身の前提で、税と社会保険料は約303万円、手元に残るのは約597万円（所得税は令和7年分。令和8年分なら約598万円）
• 年商600万円からの増分400万円のうち、手元に残るのは約230万円。所得税の区分が20%に上がり、基礎控除の特例加算が消える
• 所得税の基礎控除は合計所得金額655万円超で本則のみ。令和7年分58万円、令和8年分62万円
• 国民健康保険の医療分は限度額まで残り約2.8万円。青色65万円を使わない所得900万円では限度額に到達する
• 青色申告特別控除の有無で手取りは約24万円変わる。個人事業税だけは足し戻した900万円で計算するので変わらない
• 年商1,000万円は消費税の免税点そのもの。税込1,000万円なら免税、税抜1,000万円＋消費税なら2年後に課税。インボイス登録済みなら2割特例は2026年分が最後で、2027・2028年分は3割特例で約27万円、2029年分からは簡易課税で約45万円

あわせてどうぞ

年商600万円の積み上げは単価50万円の手取りの記事に、平均840万円と公的調査の中央値の帯がなぜ違うかは年収中央値の記事に、エージェントごとの数字の読み方はエージェント6社比較の記事にまとめています。

この記事で参照した一次情報

• 日本年金機構 国民年金保険料（令和8年度の月額17,920円を確認）
• 渋谷区 令和8年度国民健康保険料の保険料率等（医療分7.51%・47,600円・限度額670,000円、支援金分2.80%・17,600円・限度額260,000円、子ども子育て支援金分0.27%・1,873円・限度額30,000円、所得割算定基礎額が所得から基礎控除43万円を引いた額であることを確認）
• 国税庁 No.2260 所得税の税率（速算表の3,300,000円から6,949,000円まで20%・控除額427,500円、6,950,000円から8,999,000円まで23%・控除額636,000円、復興特別所得税2.1%を確認）
• 国税庁 No.1199 基礎控除（合計所得金額655万円超2,350万円以下の基礎控除が令和7年分58万円、令和8年分62万円であることを確認）
• 所得税法（昭和40年法律第33号）（第86条第1項第1号の基礎控除の本則58万円、第89条第1項の税率。令和8年法律第12号による改正後の本則は62万円で、同法附則第9条により令和8年分以後の所得税に適用）
• 租税特別措置法（昭和32年法律第26号）（第41条の16の2第1項の特例加算が合計所得金額655万円以下を対象とすること。令和8年法律第12号による改正後も上限は655万円）
• 地方税法（昭和25年法律第226号）（第314条の2第2項の基礎控除43万円、第35条第1項と第314条の3第1項の所得割標準税率、第38条と第310条の均等割、第72条の49の12第1項の事業税の所得算定、第72条の49の14の事業主控除290万円、第72条の49の17の標準税率5%を確認）
• 森林環境税及び森林環境譲与税に関する法律（平成31年法律第3号）（第5条の税率1,000円を確認）
• 消費税法（昭和63年法律第108号）（第9条第1項の免税点「千万円以下」と適格請求書発行事業者の除外、第2条第1項第14号の基準期間、第9条の2第1項の特定期間と同条第3項の給与等支払額による判定、第37条第1項の簡易課税を確認）
• 国税庁 No.6501 納税義務の免除（特定期間の判定は課税売上高に代えて給与等支払額の合計額によることもでき、いずれの基準で判定するかは納税者の任意であることを確認）
• 消費税法基本通達 1-4-5（免税事業者であった基準期間の課税売上高は収受した金銭等の全額であることを確認）
• 国税庁 2割特例の概要（適用期間が令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間、個人事業者は令和5年分から令和8年分までの計4回、翌課税期間に係る確定申告期限までの届出で簡易課税を適用できることを確認）
• 国税庁 令和8年度税制改正特集（適格請求書等保存方式の見直し）（インボイス発行事業者の登録を受けたことにより免税事業者から課税事業者となった個人事業者は、令和9年分・令和10年分の納付税額を売上税額の3割とすることができること、主な適用要件が基準期間の課税売上高1,000万円以下であること、2割特例・3割特例の適用を受けた翌課税期間の申告期限までの届出でその課税期間から簡易課税を適用できることを確認）
• 国税庁 No.6509 簡易課税制度の事業区分（第5種事業のみなし仕入率50%、サービス業が第5種に当たることを確認）
• 内閣官房ほか 令和4年度フリーランス実態調査結果（Q8の直近1年間の収入の分布で800〜900万円未満2.0%、900〜1,000万円未満2.1%、1,000万円以上3.4%、収入が経費控除後の所得であることを確認）

本記事は2026年9月時点で上記の一次情報を確認して書いています。金額はいずれも記載した前提にもとづく概算で、円未満・100円未満の端数処理や調整控除、各自治体の減免制度は反映していません。消費税の概算は税率10%で計算し、経費に含まれる課税仕入れの税額と、納めた消費税を必要経費に入れる効果は考慮していません。国民健康保険料の料率と個人事業税の取り扱いは自治体・都道府県によって異なります。法令は改正されることがあるため、最新の情報および個別の判断は税理士または所轄の窓口にご確認ください。